目前的三大碳匯，包含綠碳（森林碳匯）、黃碳（土壤碳匯）以及藍碳（海洋碳匯）。藍碳是指在海洋和沿海生態系統中，植物和土壤所儲存的碳，這些生態系統包括紅樹林、鹽沼和海草床。長期專注於海洋生態、資源評估及自然碳匯等研究領域的林幸助教授指出：「藍碳生態系統在碳吸存和儲存方面具有強大的潛力，特別是在海草床和紅樹林方面，顯示出極高的碳儲存能力。」

藍碳的研究在國外行之有年，但是在臺灣，卻遲遲沒有一套方法學。為了提升臺灣海草生態系統碳匯研究的科學性和應用價值，林教授啟動了「建立海草生態系碳匯量測方法學及本土碳匯係數研究」計畫，希望可以結合自己長久以來對臺灣海草以及濕地的碳匯能力研究，為臺灣 2050 淨零排放的目標，以及氣候變遷策略的制定，提供有力的支持。

經過研究，林幸助教授和團隊針對植物碳吸存量、沉積物碳儲量變化量、本土海草床碳匯量測方法、海草植物體碳庫碳儲存量、海草沉積物碳儲存量、紅樹林植物體碳庫、紅樹林枯落物估算碳匯等面向，都找出了一套適合臺灣環境的研究和測量方法。以海草植物體碳庫碳儲存量來說，林教授和團隊是在選定的樣區內，收集代表性的海草物種，包括地上部和地下部。這些樣本被帶回實驗室進行乾燥處理，然後測量乾燥後的重量，計算出每平方米的海草生物量。接著，對乾燥的海草樣本進行有機碳含量分析，以確定每單位生物量中的碳含量百分比。將生物量數據與有機碳含量相結合後，就能計算出每平方米的海草植物體碳儲量，再換算成每公頃的碳儲量。研究結果顯示，不同地區和海草物種的碳吸存速率有所不同。以潮間帶的海草床為例，植物體碳吸存速率為 2.93 至 6.22 公噸碳每公頃每年，而東沙亞潮帶區域的海草床碳吸存速率則為 14.73 公噸碳每公頃每年。

在紅樹林碳匯能力方面，林教授認為：「紅樹林是目前所有藍碳生態系統中碳儲量最高的，碳吸存速率為 12.81 至 25.07 公噸碳每公頃每年。」這主要是因為紅樹林植物的木本特性，還有紅樹林的根系在沉積物中，所以能夠有效地將碳固定在植物體和土壤中，並且長期保存。因此，透過「建立海草生態系碳匯量測方法學及本土碳匯係數研究」計畫，林教授也找到了一套測量紅樹林植物體碳庫的方式。首先，林教授和團隊要先測量每棵紅樹林樹木的胸徑和高度，將這些數據帶入異速生長方程式中，計算出每棵紅樹林樹木的生物量（包括地上部和地下部）。然後，將收集的生物量樣本帶回實驗室，進行乾燥處理後測量其乾重，並進行有機碳含量分析，以確定每單位生物量中的碳含量百分比。